Расчет веса товара должен вестись в зависимости от выбранной комплектации, иначе расчет доставки товара будет не верным.

Предлагаю сделать удаление выключенного товара из корзины. Вот как это выглядит:
Пользователь зашел на сайт, накидал себе товаров в корзину и ушел с сайта, в то время пока пользователя не было на сайте, этот товар выключили(например потому что он кончился), но пользователь об этом не знает. Он возвращается на сайт, и оформляет заказ. Заказ удачно проходит, но при отправке посылки выясняется, что этого товара уже нет и приходится звонить пользователю, что вызывает определенные неудобства. Поэтому предлагаю в таком случае, удалять товар из корзины, если его выключили.

Сейчас в выгрузке в Я.Маркет присутствуют лишь конечные категории. Т.е. подкатегории самого нижнего уровня.
Считаю, что нужно также выгружать все "старшие" категории в которых что-то содержится.
Это поможет правильно распределить товары по категориям Я.Маркета, т.к. тег market_category больше не используется.
Кстати, это в рекомендациях Маркета указано https://yandex.ru/support/partnermarket/categories.xml#example

<categories>
<category id="1">Книги</category>
<category id="2" parentId="1">Детективы</category>
<category id="3" parentId="1">Боевики</category>
<category id="4">Видео</category>
<category id="5" parentId="4">Комедии</category>
<category id="6">Принтеры</category>
<category id="7">Оргтехника</category>
</categories>

А у RS сейчас выгрузка идет
<categories>
<category id="2">Детективы</category>
<category id="3">Боевики</category>
<category id="4">Видео</category>
<category id="5">Комедии</category>
<category id="6">Принтеры</category>
<category id="7">Оргтехника</category>
</categories>

что может привести к неверному распределению по категориям Маркета.

У меня большая база в 1С. Номенклатурных позиций более 2000, и постоянно база растет. Какой-то товар есть в наличии, какого-то нет и больше не будет, а какого-то нет, но он появится, например через неделю, или две.
Когда я делаю обмен, и товара нет в наличии, в файла обмена его тоже нет (обмен настроен с периодичностью раз в час и случается так, что отгружается последние 4шт товара). В настройках же 1с я выгружаю только то, что есть, так как если выгружать все товары, которые когда-то были, то у меня займет это слишком много времени.
В настройках сайта ( в настройках 1С, "Что делать с товарами, отсутствующими в файле импорта" ) есть только : "удалить", "деактивировать" , "ничего". Так вот "удалить" это плохо для seo, "деактивировать" тоже плохо для seo. Если ничего не делать, то получается что товары не обновляются корректно.
Предлагаю вам добавить еще один пункт. Если товара нет в обновлении, то ставить ему количество 0 по всем складам, и оставлять его на сайте. Тогда можно будет и пользоваться удачно кнопкой "сообщить о поступлении товара на e-mail".
В противном случае кнопка "сообщить о поступлении товара" работает не на все 100%.

Для отдельных пользователей сейчас можно назначить индивидуальную цену, предлагаю сделать такую возможность для групп пользователей.

Поиск пользователя по номеру телефона. Также поиск по телефону при присваивании пользователя к заказу, а не только по ФИО и логин

Создавать категории на основе характеристик фильтра, цены, рейтинга, популярности товара. Чтобы у таких категорий был полный контроль над СЕО параметрами: URL, мета теги, описание, заголовки. Очень часто надо для создания посадочных страниц с определенной выборкой товаров под контекст и сео.

Добавить функцию сайт на профилактике что бы все его не видели кроме администратора

Добрый день. При добавлении товаров с разной комплектацией, прикрепляю к каждой комплектации разные картинки. При выборе комплектации товара через страницу товара картинки меняются как и должно быть, однако, при добавлении товара в корзину, выбор комплектаций остается доступен, но картинки при этом больше не меняются (все время висит основная картинка вне зависимости от выбора). Пробовал на разных шаблонах, результат тот же. И еще, можно ли как-то изменить слово "комплектация" на какое-то другое, так как не для всяких товаров оно подходит

SEO-Фильтр это функционал позволяющий создавать страницу категории отфильтрованную по нужным параметрам и свойствам с человеко понятным урлом вида http://***.ru/collection/frontpage/filter и с собственными значениями title, мета тегов keywords и description, а также описанием. Это может быть нужно, если есть необходимость отдельно продвигать в поисковиках именно отфильтрованную категорию. Плюс сделать возможность добавления своих слов типа купить, цена и тд